庄内平野の中央部、藤島川の中流域に位置し、東方は出羽山地に接し、西方は赤川が南北に流れる。地名は、上藤島の六所神社の記録によれば、嘉祥年間に洪水があり、地内が5日にわたって水につかり藤ノ森が島のごとく見えたことに由来するという。 

　藤島は江戸街道に道筋にあたり、万治元年丸岡藩主の加藤忠広が没した後、その住居を下町に移し、御茶屋（本陣）とした。また当地は大山（現鶴岡市）より上藤島で江戸街道に合流する備中街道や松山藩領への分岐点にあたり交通の要地であった。