築地本願寺とその東側一帯が築地３丁目である。築地本願寺は、当初浅草横山町に建立され、創建当時は、「浅草御堂」と呼ばれていました。しかし、1657（明暦3）年、「明暦の大火」と呼ばれる大火事で坊舎を焼失してしまい、1679（延宝7）年、築地に再建され、「築地御坊」と呼ばれるようになりました。

　しかしその後、1923（大正12）年、関東大震災の火災により再び本堂を焼失しました。現在の本堂は1934（昭和9）年に再建されたもので、設計は東京帝国大学名誉教授で建築史家の伊東忠太博士によるものです。インドの古代仏教建築を模した外観を特徴としながらも、内部は伝統的な真宗寺院の造りとなっています。
　2011（平成23）年、本堂および大谷石（おおやいし）を積み上げた外周の塀が国の登録有形文化財に登録されました。

　2012（平成24）年、正式名称が、それまでの「本願寺築地別院」から、「築地本願寺」と改められました。
2014（平成26）年、本堂・石塀・三門門柱（正門・北門・南門）が国の重要文化財に指定されました。