江戸期には、中世よりの大山寺領は慶長15年に3,000石が安堵され、その寺領内に丸山は含まれた。丸山は、江戸初期の大山寺の行政面と深いかかわりをもち、万治3年（1660）に大山寺座主4世胤海は、雪深い大山の寺々の避寒地として、丸山にそれぞれの里坊屋敷を与えた。また、宝永7年（1710）に大山寺が坂本滋賀院の支配下となってから、代官所が一時丸山に置かれていたこともある。