応仁の乱以後、日野町付近には音羽城・中野城が築城されたが、蒲生定秀が中野城（日野城とも称す）の城下が日野町のはじまりで、日野町成立は天文２・３年であるといわれている。 

　天文年間蒲生氏はこの城下町に楽市楽座を設けて諸役免除とし、積極的な商業保護政策を行い、経済的に栄える町となった。加え鉄砲の生産地であったため、鉄砲鍛冶職人も住み着いた。天正12年、城主蒲生氏郷が日野6万石より伊勢松が島12万石に国替となったため、多くの武士や商人工人が移住。一挙に日野町の人口は減少し、町民はその対策を秀吉に嘆願している。 

　江戸期は近江商人出身地の中心地となり、近江八幡商人や五箇荘商人等を含む日野大当番組合を結成、全国の街道宿での指定宿や荷物継立宿の指定などを行い、商業活動の便を図った。
　行政上での町名はなかったが、商人たちの財力を基盤として通称名日野町は江戸期を通じて全国にその名を知られた。