天正18年9月、小笠原信嶺が1万石で入封し、本庄城に居城、慶長17年小笠原氏は下総古河城に転封され、本庄城は廃城となり、以後幕府領となる。

　本庄城下の時期の慶長7年にすでに中山道が整備され、当地に宿場を開設。寛永14年公式の馬継立場となり、宿場町を形成。中山道沿いに家が軒を並べ、正保2年には229戸、元禄6年377、文政5年には1,088戸と増加。元禄7年周辺27か村に助郷を課して親村となり、中山道最大の宿場町に発展。文化元年には本陣２・脇本陣３。名主4人・組頭12人・問屋６軒となり、大名行列の通行も多く、２・７の日の六斎市には、周辺農村からの物品でにぎわい、江戸から文人墨客も参集した。しかし、弘化３年２月２日の伊勢屋火事によって当宿は全焼した。

　上町は江戸期の上宿、仲町はもとの中宿で、問屋・宿役人の居宅・商家が並ぶ宿の中心地、明治５年郵便局が開設された。本町は江戸期の本宿で、本陣・脇本陣・問屋・名主の役宅と高札場があった。