戦国末期にはすでに「奈良地下中」あるいは「奈良惣中」と称され、領主権域を超えた郷連合組織である奈良惣郷が成立していた。

　家康は、関ヶ原戦後、郡山城を接収するとともに大和国の地行割をして奈良町その他の徳川氏領を設定したが、こうした一連の戦後処理を担当したのが代官頭の大久保長安であった。長安は、豊臣氏の奈良代官屋敷に手代を置き政務をとらせていたが、慶長7年には徳川氏政権を誇示するため大豆山の地（現在の奈良女子大）に土手と濠で囲まれた総坪数8,675坪半の代官屋敷を新築した。

　奈良の名産は、奈良晒をはじめ、酒・墨・武具・団扇・法論味噌・金剛草履・奈良漬などの特産をもち、産業都市として栄えた。