長崎市街地をほぼ西流して長崎港に流入する。

中世から近世にかけて南蛮貿易港として発展するに伴い、埋立てで市街地が造成され、その過程で中央部に残された水路が中島川である。

寛永11年唐僧黙子如定の架けた唐風石橋など多くの石橋がある。そのうち有名な眼鏡橋は、国重文である。