神功皇后が立ち寄ったことから神浦の地名が生まれたという所伝がある。キリシタンにまつわる歴史的事象は多いようであるが、天正15（1587）年の豊臣秀吉によるバテレン追放令に伴い神浦教会は破却された。江戸期は、大村藩領であった。