有馬の街並みの背後には有馬氏の居城日野江城跡がある。日野江城はフロイスの「日本史」にも書かれ、有馬晴信の居城であり、城下の有馬の町には、「セミナリョ（神学校）」が置かれた。

　慶長19年、有馬直純が日向延岡に転封されて廃城となった。それまで、16世紀後半〜17世紀初期にかけては南蛮文化の中心地の観がある。

　廃城後も南島原の在郷町として地域経済の中心地として発展してきたものと思われる。