江戸時代、17世紀後半の約50年間、当町を含む佐久地域は、甲斐国に拠点を置く徳川綱重・綱豊父子二代の支配下に置かれた。甲斐徳川領と呼ばれるこれらの領地のうち、佐久南部地域の支配のため、高野町に陣屋が置かれた。その後、元禄14年には佐久南部地域が幕府領に編入され、幕府の陣屋が高野町に設置された。さらに享保10年（1725）、佐久郡19か村を領有した旗本・水野氏が高野町に陣屋を置いた。

　当町の領域の大部分が幕府領に編入された江戸時代後半には、陣屋の整理が進み、中之条陣屋（坂城）または御影陣屋（小諸）が佐久郡の管轄役所となった。このため高野町の政治的な中心地としての役割は薄れたが、以後も佐久甲州街道の宿場町として栄えた。

　高野町の宿駅が設置されたのは、幕府による五街道の整備が進められた慶長10（1605）年代につぐ時期であると考えられている。宝永５（1708）年には、宿場に問屋場が設置されたことに伴い、宿駅の役割が本格化するとともになった。これにより、人だけでなく物資の輸入も盛んに行われ、綿・麻・織物・魚・タバコ・紙・ショウガ・繭・蚕種・生糸・穀物・茶・人参・唐辛子・下駄等様々な物が取り扱われた。また、高野町では、定期市（六斎市）やせり駒市も開催された。（現地説明板より）