金峰山火山群南山麓と坪井川・白川両川下流に挟まれた地域に位置する。坪井川右岸に迫る北の尾根には権現山から延びた高城山・楢崎山があり、坪井川北岸と白川右岸に挟まれた地域は三角州である。地名は、この三角州一帯が河口の頃、御坊山など小さい島の景観をていしていたことにちなむという。

　「肥後国誌」では、池田手永小島村に「小島町ト云う小市アリ」と見え、また村内に形成された小市にすぎなかったが、次第に熊本城への物資輸送の要港として発展し、小島津方会所下改役なども置かれた。