江戸期の沼田街道の宿駅。化政期の家数95軒、口留番所があり、「比より沼田に通ず、山路嶮難にして駄馬通せず」とある。

　当村は、長い間秘境とされていたため、いくつかの伝説がある。高倉宮伝説は南会津郡一帯に流布する以仁王の琉離譚であり、付人の尾瀬大納言が檜枝岐に関係する。また平家落人説もある。これらの落人によって村落が形成されたものとも考えられ、村内の星氏は紀伊星の里よりの移住と伝える。また平野・橘氏は平氏・橘氏の末裔というがいずれも確認されていない。

　第二次大戦後、檜枝岐は、尾瀬観光と只見川電源開発に乗った変貌の連続で、以来秘境檜枝岐のイメージは変貌し、全戸民宿となり、尾瀬には国民宿舎尾瀬沼ヒュッテ・三池ロッジ・沼山峠休憩所などが設けられている。

　国重要民俗文化財に檜枝岐の舞台（歌舞伎）、文化財には蒸籠作り板倉、曲屋民家がある。

　街並みというものはないが、檜枝岐の舞台に通じる通りが、「歌舞伎通り」と呼ばれている。