地名の由来は、明治初年下北半島に斗南藩（旧会津藩）が封ぜられた時、奥羽の長崎として産業の発展をはかろうとし、大いなる根拠地というので付されたという。 

　明治35年8月、芦崎港地域に大湊水雷団が開庁、同38年12月大湊要港部となり、以後第2次大戦終了まで海軍の要港となった。